Kakashi Vs Pein

Sementara keadaan desa Konoha sedang sangat kacau karena diserang pemimpin 'Akatsuki' yaitu Pein dan Konan. Pein yang telah memiliki satu tubuh baru lagi, menjadi sangat kuat dan tidak terkalahkan.
Pein bertemu dengan Iruka, dan hendak membunuhnya tetapi diselamatkan oleh Kakashi. Pertarungan Pein dan Kakashi pun dimulai. Kakashi yang mengeluarkan Raikiri ditangkis dengan mudah oleh Pein.
Kakashi vs Pein semakin mendekati akhir. Tapi pada waktu itu datanglah salah satu tubuh Pein untuk membantu Pein. Tubuh tersebut berubah menjadi senjata dan menyerang Kakashi. Tapi karena kehebatan Kakashi, Kakashi mengubah cakranya menjadi bayangan klon petir. Tubuh Kakashi pun melemah karena penggunaan jurusnya menguras chakra-nya.
Akhinya datanglah dua anggota klan Akimichi,Chouji dan ayahnya Chouza. Kedatangan klan Akimichi, sangat membantu Kakashi. Walaupun dalam keadaan terdesak, Kakashi masih bisa mempunyai ide. Awalnya, ide itu berjalan mulus untuk menyerang Pein lewat dalam tanah. Ternyata itu hanya sebuah trik agar Chouji dan Chouza bisa menyerang Pein. Serangan itu bisa ditahan oleh salah satu tubuh Pein yaitu Deva.
Dalam keadaan terkejut, Kakashi semakin tak berdaya. Ia diserang Pein dengan salah satu paku yang berasal dari bangunan yang runtuh. Sesaat sebelum paku tersebut mengenai Kakashi dia menggunakan Mangekyou Sharingan untuk menghilangkan pakunya dan Kakashi menggunakan tenaga terakhirnya untuk melindungi Chouji yang akan melapor pada Tsunade.
Tubuh Pein yang satunya yaitu Ashura, ternyata masih hidup dan menyerang Chouji dan digagalkan Kakashi lewat mangekyou sharingan. Dengan Chakra yang terbatas, Kakashi untuk terakhir kalinya mengenang masa lalunya dan memikirkan teman ninja satu timnya yaitu Uchiha Obito dan Rin. Kakashi terus mengenang masa lalunya ketika Obito memberinya mata sharingan dan ninja-ninja Konoha yang lain. Kakashi meminta maaf pada Obito karena tidak bisa melindungi Rin serta melihat masa depan dunia ninja lagi. Di alam yang lain, Kakashi ternyata bertemu dengan ayahnya yang sudah meninggal lebih dahulu.
Chouji yang telah bertemu Tsunade menanyakan apakah Kakashi baik-baik saja karena Tsunade bisa memeriksa keadaan shinobi yang diperiksa kumpulan Katsuyu, namun Tsunade tidak mengatakan apapun. Naruto yang telah menguasai teknik sage bisa merasakan semua chakra didesa Konoha menanyakan pada Tsunade apakah Kakashi pergi keluar desa untuk mengerjakan suatu misi karena Naruto tidak merasakan chakra Kakashi. Tsunade yang tidak mengatakan apapun membuat Naruto mengerti apa yang terjadi pada Kakashi.
Setelah Naruto berhasil mengalahkan Pein, Pein memutuskan untuk memperbaiki kesalahannya. Ninja-ninja Konoha yang telah dibunuhnya seperti Shizune dan Kakashi hidup kembali.